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据中国科学文献计量评价研究中心等编制的《中国学术期刊影响因子年报（自然科学与工程技术2020版)》统计结果，《植物营养与肥料学报》2019年度复合类影响因子为4.096，五年影响因子为4.899，在农业基础科学期刊(共22种)和农艺类期刊(49种)中均排名第1，均处于Q1区。
据中国科学技术信息研究所编著的《2020年版中国科技期刊引证报告（核心版）自然科学卷》统计结果，《植物营养与肥料学报》2019年度核心影响因子2.610，核心总被引频次6170，在“土壤学”期刊中均排名第1，在核心统计源2070种自然科学期刊中分别排第22和第51位；综合评分81.3，在“土壤学类”期刊中排名第2，在核心统计源2070种期刊排名第53位。
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